A műegyetemi tanműhely Csonka vezetése alatt – a hallgatóság létszámának növekedésével lépést tartva – egyre bővült és a műegyetemi hallgatóság gyakorlati kiképzésének fontos tényezőjévé fejlődött. Ez az intézmény tette lehetővé, hogy a műegyetemi hallgatóság már az egyetemi évek alatt közvetlen bepillantást kapjon a modern precíziós gépgyártás fogásaiba, és szabadon tanulmányozhassa a műhelyben előállított különféle gépszerkezeteket készítés és szerelés közben.

Bármily előnyös is volt azonban a műegyetemi tanműhely sok irányú működése a műegyetemi oktatás szempontjából, a vezető gépgyárak nem tekintették jó szemmel Csonka munkásságát. Csonkában csak a konkurrenst látták, s kifogást emeltek ipari tevékenysége ellen. Csonka ezért 1912-ben a műegyetemmel kötött szerződését felbontotta, s motorjának terveit a gyártás jogával együtt három nagy gyárnak (Röck István gépgyárának, a Magyar Általános Gépgyárnak, valamint a Magyar Waggon és Gépgyárnak) adta át.

Csonka főnökének, Rejtő Sándornak nyugalomba vonulásával egyidejűen 1924. június 30-án vonult nyugalomba, de munkakörét még 1925 január végéig továbbra is ellátta. Távozásakor a Műegyetem tanácsától elbúcsúzván, többek közt ezeket írta:

„Távozásom küszöbén mély megilletődéssel tekintek vissza azon megtisztelő bizalomra, mely működésem egész ideje alatt a t. Tanács részéről velem szemben megnyilvánult, mely ez intézetnek hajdani szerény kereteiből a mai hatalmas intézménnyé való kifejlődését az intézet kötelékén belül megérni számomra lehetővé tette, és sokszorosan hálás vagyok azon reám kitüntető felhívásért, mellyel élt. Schimanek Emil rektor úr megtisztelt, amidőn hivatali állásom továbbvitelére szólított fel… Mikor mindennek dacára más irányú elfoglaltságom sajnálattal arra kényszerít, hogy a t. Tanácstól felmentésem kérjem, teszem azt azon tiszteletteljes reményben, hogy jóindulatú sz. támogatását a jövőben is megtarthatom.”